会社の年末調整の締め切りに遅れたら確定申告で還付を受ける

会社の年末調整の締め切りに遅れても、源泉徴収票がまだ発行されておらず翌年1月31日を過ぎていなければ、総務に頼んで社内でやり直してもらえる可能性が高い。それも間に合わなかった場合は、翌年2月16日から3月15日の確定申告期間を待たなくても、還付申告として翌年1月1日から5年以内ならいつでも自分で確定申告をして、払い過ぎた税金を取り戻せる。

「保険料控除証明書を出すのをすっかり忘れていて、気づいたら会社の締め切りを過ぎていた」

「総務から『もう年末調整の締め切りは過ぎているので今年は対応できません』と言われて、どうしていいか分からない」

年末調整の書類提出は、11月から12月にかけての慌ただしい時期に重なるうえ、生命保険料控除証明書やiDeCoの掛金払込証明書といった書類がなかなか手元に集まらないため、締め切りに間に合わなかったという相談は毎年一定数出てくる出来事です。会社の締め切りに遅れたからといって、控除を受ける権利そのものが消えるわけではありません。

この記事では、年末調整の「社内締め切り」と国税庁が定める「法定期限」の違いから、総務にやり直しを頼めるケース、それも間に合わなかった場合の確定申告での還付の受け方、さらに過去にさかのぼって取り戻せる年数まで、国税庁の公式情報と実際にあったやり取りを交えて整理しました。

1. 年末調整の「締め切り」には社内の締切と国の法定期限の2種類がある

年末調整の締め切りには、会社が独自に定める「社内提出期限」と、国税庁が法律で定める「法定期限（翌年1月31日）」という性質の異なる2つの期限があり、社内締切に遅れても法定期限内であれば間に合う余地が残っている。

1-1 会社の「社内締め切り」が国の期限より早く設定されている理由

会社の社内締め切りは、多くの場合11月から12月上旬に設定されており、これは国の法定期限そのものではなく、給与計算や年末調整の集計作業に必要な社内処理期間を逆算して会社側が独自に決めているものにすぎない。

従業員数が多い会社ほど、一人ひとりの控除証明書を確認し、年税額を再計算し、12月の給与や賞与に還付・追徴を反映させる作業に日数がかかります。そのため、国が定める期限よりもかなり早い時期に社内締め切りを設定して、余裕を持たせているのが実情です。つまり社内締め切りに遅れたとしても、それは会社の事務処理上の期限に間に合わなかっただけであり、国税庁が定める法律上の期限とは別物だという理解が出発点になります。

1-2 国税庁が定める法定期限は「給与所得の源泉徴収票」の翌年1月31日提出

会社が税務署へ源泉徴収票を提出しなければならない法定期限は、支払いが確定した年の翌年1月31日であり、この日を過ぎるまでは理屈のうえで年末調整のやり直しが可能な余地が残っている。

【国税庁の公式見解・1次情報】

国税庁「No.7411 『給与所得の源泉徴収票』の提出範囲と提出枚数等」では、次のように説明されています。

『給与所得の源泉徴収票は、上記の提出範囲に該当するものを、支払者の所轄税務署へ支払いの確定した年の翌年の1月31日までに提出しなければなりません』

出典：国税庁「No.7411『給与所得の源泉徴収票』の提出範囲と提出枚数等」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hotei/7411.htm

会社は、この翌年1月31日までに源泉徴収票を確定させて税務署へ提出し、あわせて従業員本人へも交付する必要があります。逆にいえば、会社がまだ源泉徴収票を発行しておらず、かつこの1月31日を過ぎていない段階であれば、社内的には年末調整をやり直す時間の余地がまだ残っていることになります。

1-3 期限の全体像を整理した早見表

社内締め切り、法定期限、確定申告期間、還付申告の提出期間という4つの期限は、それぞれ管理する主体も期日もまったく別のものとして整理しておく必要がある。

この表のうち、実際に自分でコントロールできる最後の砦になるのが一番下の「還付申告の提出期間」です。次の章から、それぞれの期限に応じてどう動けばいいかを順に見ていきます。

#### 【現場のリアル】保険料控除証明書の封筒を引き出しの奥から見つけた時の焦り

共働きで小さな子どもがいるという方から聞いた話です。10月に届いた生命保険料控除証明書のはがきを、後で出そうと思ってリビングの引き出しにしまい込んだまま、育児と仕事の忙しさですっかり忘れてしまったそうです。12月の給与明細を見て手取りがいつもより少ないことに気づき、慌てて年末調整の書類を確認したところ、社内締め切りはすでに1週間前に過ぎていました。「終わった、来年まで控除を諦めるしかないのか」と青ざめてスマートフォンで検索を始め、そこで初めて年末調整の締め切りに遅れても確定申告という手段が残っていることを知ったといいます。本人は「締め切りを過ぎた瞬間はもう手遅れだと思い込んでいたが、調べてみたら選択肢がちゃんと残っていて、少し冷静になれた」と振り返っていました。

2. 社内締め切りに遅れても、翌年1月31日までなら年末調整のやり直しを頼める

会社が源泉徴収票をまだ発行しておらず、かつ翌年1月31日を過ぎていない段階であれば、総務や経理に依頼して年末調整を再調整してもらえる可能性がある。

会社が源泉徴収票を発行する前であれば、年末調整の計算そのものをやり直すことは事務的には可能です。ただし、これは国税庁が個々の会社に義務づけている手続きではなく、あくまで社内の給与システムや事務処理体制が対応できるかどうかにかかっています。すでに他の従業員分の法定調書合計表の作成が完了していたり、給与システム上で年末調整の締め作業が済んでしまっていたりすると、法定期限内であっても対応してもらえないことがあります。

2-1 総務にやり直しを依頼する3ステップ

やるべきことは、まず正直に事情を伝えること、必要書類をすぐに提出できる状態にすること、そして再調整が間に合わなければ確定申告に切り替える前提で確認を取ることの3つです。

1. 総務・経理の担当者へ「年末調整の締め切りに遅れてしまったが、まだ再調整は可能か」を率直に確認する
2. 生命保険料控除証明書やiDeCoの払込証明書など、未提出の書類をすぐに提出できる状態にしてから連絡する
3. 会社の給与システムの都合で再調整に対応できないと言われた場合は、その場で「では確定申告で対応します」と伝え、年末調整済みの源泉徴収票を受け取る段取りを確認する

会社によっては、給与計算を社会保険労務士事務所や外部の給与計算代行会社に委託しているため、社内の総務担当者だけでは判断できず、委託先への確認に数日かかるケースもあります。締め切りに気づいた時点で早めに連絡するほど、選べる対応の幅が広くなります。

#### 【現場のリアル】総務に滑り込みで連絡した時のやり取り

転職して初めての年末調整だったという方の話です。前職の源泉徴収票の提出が必要だと知らず、締め切り当日になって初めて総務から「前職分の源泉徴収票がまだ届いていません」と指摘され、血の気が引いたといいます。恐る恐る「対応が遅れてすみません、いつまでなら間に合いますか」と総務にメールを送ったところ、担当者からは「うちの給与システムの締め処理が来週なので、今週中に出してもらえれば大丈夫です」とあっさり返事が来たそうです。前職に急いで源泉徴収票の再発行を依頼し、届いたその日のうちに総務へ持参して、無事に社内締め切りの延長枠で年末調整に間に合わせることができたといいます。本人は「怒られるだろうと身構えていたが、実際は淡々と締め処理のスケジュールを教えてもらえただけだった、聞かずに諦めていたら損をするところだった」と話していました。

3. 翌年1月31日も過ぎたら、確定申告で還付を受ける

会社の年末調整が翌年1月31日までに間に合わなかった場合でも、控除を受ける権利自体は失われず、従業員本人が確定申告をすれば、年末調整で受けられるはずだった控除を反映させて還付を受けられる。

3-1 通常の確定申告期間と、還付申告なら早く動ける理由

所得税の確定申告は原則として翌年2月16日から3月15日までの期間に行うものだが、税金を還付してもらう「還付申告」に限っては、この期間を待たずに翌年1月1日から提出できる。

【国税庁の公式見解・1次情報】

国税庁「No.2020 確定申告」では、確定申告について次のように説明されています。

『所得税の確定申告は、毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得の金額とそれに対する所得税等の額を計算して確定させる手続です』

申告等の期間は『原則として、その年の翌年2月16日から3月15日までです』とされています。

出典：国税庁「No.2020 確定申告」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2020.htm

【国税庁の公式見解・1次情報】

国税庁「No.2030 還付申告」では、還付申告の提出期間について次のように説明されています。

『還付申告書は、確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます』

出典：国税庁「No.2030 還付申告」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2030.htm

年末調整に間に合わなかった人が確定申告で行うのは、税金を追加で納めるための申告ではなく、払いすぎた所得税を取り戻すための還付申告にあたります。そのため、世間で「確定申告の時期」として認識されている2月16日を待つ必要はなく、会社から年末調整済みの源泉徴収票を受け取った後であれば、1月中でも税務署やe-Taxで手続きを進められます。

3-2 スマホe-Taxで確定申告する4ステップ

必要なのは会社から発行された源泉徴収票、控除証明書、マイナンバーカード、そしてスマートフォンの4点で、これらがそろえば税務署へ出向かなくても自宅で申告を完了できる。

1. 会社から年末調整済みの源泉徴収票を受け取る（年末調整が間に合わなかった控除は反映されていない状態のもの）
2. 生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書、iDeCoの払込証明書など、年末調整に出しそびれた控除証明書一式を手元にそろえる
3. マイナンバーカードとマイナポータルアプリを使い、国税庁の確定申告書等作成コーナーにスマホでログインする
4. 源泉徴収票の金額を入力し、出しそびれた控除の内容を追加入力したうえで申告書を送信し、還付金の受け取り口座を指定する

還付金は、申告書の提出から概ね1か月から1か月半程度で指定した口座に振り込まれるのが一般的です。年末調整の締め切りに遅れたことで税金の還付そのものが受けられなくなるわけではなく、単に受け取るタイミングが年末調整の従業員より少し後にずれるだけだと考えておくと、落ち着いて対応できます。

#### 【現場のリアル】還付金が振り込まれた瞬間に安堵した話

iDeCoの掛金払込証明書の到着が例年より遅れ、年末調整の締め切りに間に合わなかったという方の話です。総務からは「今年の年末調整には反映できません、確定申告で対応してください」とだけ伝えられ、控除しそびれた分の税金がそのまま戻ってこないのではないかと不安になったといいます。年明けにスマートフォンの確定申告書等作成コーナーで、会社の源泉徴収票とiDeCoの証明書を見ながら1時間ほどかけて申告書を作成し、送信を終えた後もしばらく半信半疑だったそうです。1か月ほど経ったある日、通帳に見慣れない金額の入金があり、記載されていた摘要を見て「還付金」と分かった瞬間、「本当に戻ってくるんだ」と肩の力が抜けたと話していました。本人いわく「年末調整に遅れた時点で終わったと思っていたが、確定申告をすればちゃんと同じ金額が戻ってくると分かって、次の年からは締め切りをそこまで神経質に気にしなくなった」とのことでした。

4. 過去の年末調整分も、5年前までならさかのぼって取り戻せる

過去に年末調整で控除の申告を忘れていた年があっても、還付申告の提出期間である翌年1月1日から5年間の範囲内であれば、今からでもその年の分の確定申告をして払いすぎた税金を取り戻せる。

前章の国税庁「No.2030 還付申告」が示す5年間という期間は、今年の分に限った話ではありません。たとえば「2年前、生命保険料控除証明書を出し忘れたまま年末調整を終えていた」ということに今になって気づいた場合でも、その年の分をさかのぼって還付申告できます。年ごとに申告書を分けて作成する必要があり、複数年分をまとめて1枚の申告書で処理することはできませんが、対象の年数分だけ申告書を作成すれば、それぞれの年について個別に還付を受けられます。

過去の年末調整の際に保管していた源泉徴収票や、当時提出しそびれた控除証明書の控えが手元に残っていれば、それをもとに申告書を作成します。手元に資料が残っていない場合は、勤務先に当時の源泉徴収票の再発行を依頼するか、保険会社に控除証明書の再発行を依頼することから始める必要があります。

5. よくある質問（Q&A）

年末調整の締め切りに遅れた読者からよく寄せられる質問は、ペナルティの有無、総務への伝え方、証明書を紛失した場合の対応、複数年分をまとめて申告できるかの4点です。

Q1. 年末調整の締め切りに遅れたことで、延滞税や加算税のようなペナルティは発生しますか。

年末調整の締め切りに遅れたこと自体にペナルティはありません。年末調整はあくまで会社が行う社内の事務手続きであり、期限に遅れても罰則の対象にはならず、確定申告で還付を受ければ本来受け取れるはずだった金額がそのまま戻ってきます。ペナルティが発生するのは、税金を追加で納める必要があるのに申告や納税を怠った場合であり、還付を受けるだけの申告であれば延滞税や加算税は関係しません。

Q2. 総務に「締め切りに遅れました」と伝えるのが気まずいのですが、どう連絡すればいいですか。

事実だけを簡潔に伝え、対応の可否を確認する形で連絡するのが最もスムーズです。「保険料控除証明書の提出が遅れてしまいました、まだ年末調整の再調整は可能でしょうか」と一言添えれば十分で、謝罪の言葉を長々と重ねる必要はありません。年末調整の締め切りに遅れる従業員は毎年一定数いるため、総務側にとっても珍しい相談ではなく、淡々と事務的に対応してもらえることがほとんどです。

Q3. 控除証明書自体を紛失してしまいました。再発行はできますか。

生命保険料控除証明書やiDeCoの払込証明書は、契約している保険会社や運営管理機関に連絡すれば再発行してもらえます。多くの場合、コールセンターや会員専用のウェブサイトから再発行を依頼でき、郵送で数日から2週間程度で手元に届きます。年末調整や確定申告の締め切りが迫っている場合は、その旨を伝えると優先的に対応してもらえることもあります。

Q4. 去年と一昨年、両方とも年末調整で控除を出し忘れていました。まとめて1回の申告で済ませられますか。

まとめて1枚の申告書で処理することはできず、年ごとに別々の確定申告書を作成する必要があります。所得税は1月1日から12月31日までの1年間ごとに計算する税金のため、去年分は去年分の、一昨年分は一昨年分の申告書をそれぞれ作成し、税務署へ提出します。手間はかかりますが、還付申告の提出期間である5年以内であれば、どちらの年も今から取り戻すことができます。

まとめ、年末調整の締め切りに遅れても税金を取り戻す道は残っている

年末調整の締め切りには、会社が独自に定める社内締め切りと、国税庁が定める翌年1月31日の法定期限という2つの段階があります。社内締め切りに遅れても、源泉徴収票が発行される前で法定期限内であれば、総務に依頼して社内でやり直してもらえる可能性があります。それも間に合わなかった場合は、翌年2月16日からの確定申告期間を待つ必要はなく、還付申告として翌年1月1日から5年以内ならいつでも自分で確定申告をして、払いすぎた税金を取り戻せます。さらに、過去の年末調整で控除を出し忘れていた年があっても、5年前までならさかのぼって同じように取り戻すことが可能です。